1908年、ミュンヘンに生まれ、ヴュルツブルクで音楽活動を始める。その後、ビーレフェルト、テープリツ＝シェーナウ、カールスバートを経て、ドレスデンでは市立オペラを設立、ドレスデン・フィルハーモニー管弦楽団の指揮者となる。1945年以降は、ミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団の指揮者を務め、バイエルン国立歌劇場も指揮した。1956年、ミュンヘンのゲルトナー・プラッツ劇場と契約を交わしたが、これが彼の生涯を方向付けることとなった。バイエルン放送交響楽団の首席指揮者としても大きな成功をおさめた。彼の「日曜コンサート」は今なお忘れがたいシリーズである。
数々の録音は彼の多方面にわたる音楽活動を物語っているが、とりわけカール・オルフの作品で示される正統的な解釈は傑出したものである。他方、ミュンヘン音楽大学の教授として、次代の指揮者の育成にも従事した。
クルト・アイヒホルンはリンツ・ブルックナー管弦楽団とともに、数々の名演を残してきた。例えばモーツァルトの《魔笛》《後宮からの誘拐》、リヒャルト・シュトラウスの《アルプス交響曲》、アントン・ブルックナーの交響曲 第8番と第9番などがあるが、第9番はウィリアム・キャラガンの補作になるフィナーレとともに演奏された。彼はこのオーケストラを率いて幾度か演奏旅行を行い、ドイツ、ブルガリア、エジプトの各地で大成功をおさめた。
1991年3月18日、クルト・アイヒホルンはブルックナー音楽のために活動した功績が認められて、オーバーエスターライヒ・ブルックナー連盟より金メダルを授与され、1993年9月16日より同連盟名誉会長を務めた。
1994年6月29日、ミュンヘン郊外のムルナウにて永眠。